Le M23 a procédé depuis 2022 au remplacement systématique des autorités administratives nommées par Kinshasa dans les territoires sous son contrôle, substituant ses propres cadres aux fonctionnaires d'État, aux juges, aux agents des douanes et aux chefs coutumiers, selon un rapport publié en avril 2026 par le Congo Research Group (CRG) et le Center on International Cooperation (CIC) de l'Université de New York.
Selon un décompte du gouvernement congolais cité par le rapport, plus de vingt chefs traditionnels ont été remplacés par des nominees du M23, issus le plus souvent de branches rivales des élites coutumières locales. Ces remplacements concernent au moins trois chefs de chefferie, le niveau administratif coutumier le plus élevé, dans les chefferies de Bashali, Bukumu et Bwisha, ainsi que trois chefs de groupement, le deuxième niveau, dans les groupements de Bukumu, Muja et Jomba.
Deux cas illustrent la nature de ces interventions. Dans la chefferie de Bwisha, l'une des plus grandes entités coutumières de l'est du Congo, le M23 a nommé Patrick Ndeze à la place du chef régnant Jean-Baptiste Ndeze, vice-ministre dans le gouvernement Tshisekedi et donc absent du territoire. Dans la chefferie de Bukumu, qui correspond au territoire de Nyiragongo au nord de Goma, Makenga a nommé Isaac Butsitsi, issu de la lignée Butsitsi, en remplacement de Lebon Bazima Bakungu, issu de la lignée Bigaruka. Le rapport note que depuis la première guerre du Congo, les rébellions successives soutenues par le Rwanda ont systématiquement soutenu la lignée Butsitsi contre les descendants de Bigaruka dans ce conflit coutumier qui remonte aux années 1960. Certaines sources allèguent qu'Isaac Butsitsi est apparenté à Makenga.
Le rapport souligne que le remplacement des chefs coutumiers est particulièrement lourd de conséquences, ces derniers jouant un rôle central dans la gestion des conflits fonciers locaux. La rébellion du RCD entre 1998 et 2003 avait déjà provoqué des conflits amers et parfois violents en destituant des chefs et en installant leurs rivaux. Les interventions actuelles du M23 risquent selon le rapport de créer des fractures profondes et durables au sein des élites coutumières.
Les cadres administratifs et les responsables locaux des zones occupées ont été contraints de suivre des formations idéologiques au centre de Nyongera, dans les locaux d'une ancienne prison. Le rapport indique par ailleurs que le M23 éprouve des difficultés réelles à gouverner : de nombreux systèmes administratifs hérités de Kinshasa ont cessé de fonctionner faute d'accès aux données et logiciels gérés depuis la capitale, et les cadres nommés par le mouvement manquent souvent d'expérience administrative.
